阿旗蒙医医院始建于1981年，“以蒙医为主、蒙西医结合”的集医疗、科研、教学、预防、康复、制剂为一体的国家二级甲等蒙医综合医院。是内蒙古民族大学教学医院、内蒙古医学院蒙医药学院、呼伦贝尔职业技术学院临床实习基地、阿鲁科尔沁旗残疾人康复中心，阿鲁科尔沁旗肢体残疾评定机构。内蒙古自治区国际蒙医医院、内蒙古自治区人民医院、内蒙古民族大学附属医院技术协作医院。

　　医院占地面积25亩，建筑面积17000平方米，其中阿旗残联康复中心3000平方米，蒙药制剂室1122平方米。编制床位200张。医院现注册蒙药制剂51种、自制蒙药113种、产量6500公斤/每年，《蒙药烈火炮制技术》是自治区级非物质遗产文化项目。 医院现有职工175人(在编53人、聘用人员99人、临时工23人)，卫生专业技术人员占95%，副高级以上职称30余人，研究生3名，规培生4名。现有自治区蒙医专家学术经验继承指导老师1名，继承人3名;自治区名蒙医1名，自治区模范医生2名，市级名蒙医1名，旗级名蒙医4名。

　　现有自治区特色优势重点专科2个(蒙医五疗科、蒙医骨伤科)，市级重点专科1个(蒙医脑病科)。医院内设蒙医五疗科、康复科、肺病科、脾胃病科、脑病科、骨伤科、心身医学科、肛肠科、外科、妇科、儿科、急诊科、口腔科、眼耳鼻喉科、皮肤科、层流净化手术室、体检科、治未病科等18个临床科室。

　　蒙药制剂室、药房、检验科、输血科、PCR实验室、心电室、超声诊断科、胃肠镜室、影像科、消毒供应室等10个辅助科室。 医疗先进设备有东软16排螺旋CT机、飞利浦EPIQ7四维彩超声诊断仪、东软N900四维彩色超声诊断仪、狼牌腹腔镜、等离子凝切刀、利普刀、日本富士250胃肠镜、妇科专用设备、贝克曼AU480全自动生化分析仪、希森美康XS-1000I五分类血球仪、罗氏411发学发光仪、全自动尿沉渣分析仪、化学发光仪、血凝仪，P05电解质测定仪、微量元素检测仪、数字化X线机(DR)、有创呼吸机、无创呼吸机、麻醉机、五疗科各种蒙中医特色专用设备、康复专用设备、蒙医尼如哈治疗仪等。

　　开展的主要特色技术项目有：腹腔镜下胆囊切除术、前列腺电切术、椎间盘摘除术、神经血管吻合术、断肢再植术、股骨头置换术、全髋人工关节置换术及膝关节置换术、各类创伤性骨折的诊治、蒙医手法复位小夹板外固定、关节复位;利用蒙药治疗消化系统病、心脑血管病、呼吸系统病等各种内科疾病以及妇科、口腔科、皮肤病等疾病取得了较好的临床疗效;运用康复、蒙医传统疗法治疗瘫痪、椎间盘突出、骨质增生症、风湿等疑难杂症，同时开展“其格”疗法和蒙药浴疗法。

　　阿旗蒙医医院将继续全面提升综合实力，完善科室设置、发挥蒙医药优良传统和特色，蒙医传统疗法与现代医疗设备结合，采用多种先进技术，为广大患者身体健康服务。